分布データベース作成法

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準備

spmapは、生物の分布データベースを作成しなければ何も表示できません。
分布図を表示するには、少なくとも３つのテーブルを作成する必要があります。
  • 種テーブル、
  • 文献テーブル、
  • 入力テーブル

    もし必要ならば、以下も作成します。
  • 系統テーブル、
  • 書誌テーブル

    種テーブルは、学名などの情報を記述したテーブルです。
    入力テーブルは、見つかった地域を種毎に列挙したテーブルです。 このテーブルを別のツール(takein)に与えると種別分布テーブルと種別文献テーブルができあがります。 spmapは種別分布テーブルを参照して分布図を表示します。
    １種類ごとに引用文献を表示させるには、さらに別のツール(TxWriter)を使って種別の文献リストを生成させます。
    文献テーブルは、引用文献を記述したテーブルです。 文献テーブルは必須なのでしょうか。 私的なコレクションを基に分布図を作成する場合は、不要にも思えますが、 本ソフトは、既存の文献を基に、分布データベースを作成することを想定しています。 そのために文献テーブルは、一応必須ということになっています。 私蔵データの場合も"私蔵データ"などと適当なタイトルをつけて文献テーブルに記述して下さい。
    多くの文献を基に分布図を作成するとなると、生物名の混乱に出くわしたり、 情報の信頼度に疑問が生じたりすることもあります。事前にこれらの点も調べておいた方がよいでしょう。

    • 種テーブル

    このテーブルは、必須です。
    分布図に載せたい生物の学名や命名者、別名（和名）を記述します。
    これは、カンマ区切りで項目を並べたCSV形式のテキストファイルです。
    種コード,学名,命名者,記載年,変更有無,上位系統のコード,上位系統の名称,種の別名1(和名),上位の系統の別名1(和名),種の別名2(和名),上位の系統の別名2(和名),

  • 種コード
    19桁以内の正整数で、ユニークなコードを付けます。

  • 学名
  • 命名者
  • 記載年
    学名、命名者、記載年を記述します。

  • 変更有無
    属などが変更されていたならば、"C"を記述します。画面表示や印刷の際に参照して、命名者をカッコ書きします。

  • 上位系統のコード
    系統テーブルを作成していて、そちらに上位系統群を記述しているならば、そのコードを記述します。

  • 上位系統の名称
    上位系統群の名称を記述します。

  • 種の別名1(和名)
    和名などを記述します。

  • 上位の系統の別名1(和名)
    和名などを記述します。

  • 種の別名2(和名)
    和名の別名(方言)などを記述します。

  • 上位の系統の別名1(和名)
    和名の別名(方言)などを記述します。
    さらに後ろに種の別名を続けることもできます。１０通りまで記述できます。シノニムなどを記録し、照合するのに使えます。

    入力例：
    ......
    20000004,Heptathela kikuyai,Ono,1998,,20005001,Liphistiidae,ブンゴキムラグモ,ハラフシグモ科
    20000005,Heptathela kimurai,Kishida,1923,,20005001,Liphistiidae,キムラグモ,ハラフシグモ科
    ......
    20000019,Antrodiaetus roretzi,L. Koch,1878,C,20005003,Antrodiaetidae,カネコトタテグモ,カネコトタテグモ科
    ......


    • 系統テーブル

    このテーブルは、省略可能です。
    分布図の選択や印刷の際、系統関係を表現したいときに作成します。
    上位系統群の名称、別名（和名）を記述します。
    これは、カンマ区切りで項目を並べたCSV形式のテキストファイルです。
    系統コード,名称,さらに上位の系統コード,系統の別名(和名)

  • 系統コード
    19桁以内の正整数で、ユニークなコードを付けます。

  • 名称
    系統群の名称を記述します。

  • さらに上位の系統コード
    もし、さらに上位の包括系統群を記述しているのならば、そのコードを記述します。
    包含関係が循環してはならないことに注意して下さい。
    ただし、最上位系統群は、２つ以上並列しても構いません。無理矢理１つにまとめる必要はありません。

    入力例１：
    以下のような分類体系があったとしましょう。これは階層数固定の分類表現の例です。

    系統テーブルは、次のように記述します。
    20005001,Liphistiidae,20008001,ハラフシグモ科
    20005002,Atypidae,20008002,ジグモ科
    20005003,Antrodiaetidae,20008002,カネコトタテグモ科
    20005004,Hexathelidae,20008002,ジョウゴグモ科
    20005005,Ctenizidae,20008002,トタテグモ科
    ......
    20005029,Araneidae,20008003,コガネグモ科
    20005030,Lycosidae,20008003,コモリグモ科
    ......
    20008001,Liphistiomorphae,20009001,古蛛類
    20008002,Mygalomorphae,20009001,原蛛類
    20008003,Araneomorphae,20009001,新蛛類
    20009001,Araneae,,クモ目


    入力例２：
    次は系統分岐で表現した例です。2001, 2002, ....は、それぞれ種分化を生じた時点を表しています。

    系統テーブルは、次のように記述します。
    2001,Node2001
    2002,Node2002,2001
    2003,Node2003,2002
    2004,Node2004,2003

    なお、この例での種テーブルは、次のようになります。
    1001,Sp A,Zzzzz,9999,,2001,Node2001
    1002,Sp B,Zzzzz,9999,,2003,Node2003
    1003,Sp C,Zzzzz,9999,,2004,Node2004
    1004,Sp D,Zzzzz,9999,,2004,Node2004
    1005,Sp E,Zzzzz,9999,,2002,Node2002
    1006,Sp F,Zzzzz,9999

    種 Sp F を包含する上位系統群は記述されていませんが、支障なく表示されます。


    • 文献テーブル

    このテーブルは、必須です。
    引用した文献名、号、巻、著者名、ページなどを記述します。
    これは、カンマ区切りで項目を並べたCSV形式のテキストファイルです。
    文献コード,著者名,年,文献名,書誌コード,巻,号,ページ,図書番号著者別名１文献別名１著者別名２文献別名２

  • 文献コード
    24桁以内の半角英数字で、ユニークなコードを付けます。
    必須です。

  • 著者名
    文献の著者名を記述します。
    省略可能です。

  • 年
    文献の発表年を記述します。数値としてではなく、文字として扱われます。 "平成１５年"などとも書けることになりますが、文献を年代順に正しく表示するには西暦で記述して下さい。
    省略可能です。

  • 文献名
    文献名を記述します。書誌テーブルを作成するのが面倒であれば、ここに雑誌名も記述して構いません。その場合、次の書誌コードは省略して下さい。
    必須です。

  • 書誌コード
    雑誌名などを前記文献名にではなく、書誌テーブルに記述する場合、書誌テーブルでの識別コードを指します。
    雑誌のISSN、書籍のISBNなどがあれば、それを記述します。数値としてではなく、文字として扱われます。
    省略可能です。

  • 巻
    雑誌の場合、巻があれば記述します。数値としてではなく、文字として扱われます。"Vol.99"なども可。
    省略可能です。

  • 号
    雑誌の場合、号があれば記述します。数値としてではなく、文字として扱われます。"No.99"なども可。
    省略可能です。

  • ページ
    文献の掲載ページを記述します。数値としてではなく文字として扱われます。"1-99","19pp."などと記述して下さい。
    省略可能です。

  • 図書番号
    独自に蔵書番号などがある場合この欄に記述することができます。
    省略可能です。

  • 著者別名１
  • 文献別名１
    著者名や文献名が英語圏以外の文字で書かれている場合、別名には英語名などを記述します。
    省略可能です。

  • 著者別名２
  • 文献別名２
    著者名や文献名を他の言語で記述したい場合、この欄に記述します。
    省略可能です。

    入力例：
    1995014,熊田憲一・池田博明・谷川明男,1995,神奈川県産クモ類目録,ISSN0915-9754,,68,,"Kumada,K.,Ikada,H.&Tanikawa,A."
    1999047,谷川明男・佐々木健志,1999,沖縄県産クモ類目録,ISSN0915-9754,,76,p61-101,"Tanikawa,A. & Sasaki,T"
    ......


    • 書誌テーブル

    このテーブルは、省略可能です。
    雑誌名、書籍名を記述します。
    これは、カンマ区切りで項目を並べたCSV形式のテキストファイルです。
    書誌コード,書誌名,書誌別名１書誌別名２

  • 書誌コード
    24桁以内の半角英数字で、ユニークなコードを付けます。
    雑誌のISSN、書籍のISBNなどがあればそれを記述します。ISSNもISBNも無いものは適当な番号でも振って下さい。 このコードは、数値としてではなく、文字として扱われます。

  • 書誌名
    雑誌名、書籍名を記述します。

  • 書誌別名１
  • 書誌別名２
    長い雑誌名などで略称がある場合、それを記述します。
    他の言語で記述する必要が有る場合も、この欄に記述して下さい。

    入力例：
    ISSN0915-9754,Kishidaia
    ISSN0001-5202,Acta Arachnologica,Acta Arachnol.
    ......


    • 入力テーブル

    分布図表示で最終的に必要となるのは、種別分布テーブルと呼ばれるものですが、これはコードばかりから成るテーブルで、人間が直接作るのは大変です。
    そこで、まず入力テーブルと呼ばれるものを作ります。
    これは、カンマ区切りで項目を並べたCSV形式のテキストファイルです。
    入力テーブルは複数に分けて作って構いません。文献別、地域別に作成したほうが管理し易いでしょう。
    種名,変更フラグ,種コード,地域コード,文献コード,データ信頼度緯度経度標準地域メッシュ

  • 種名 別名（和名）もしくは学名（文献記載当時のもの）

  • 変更フラグ......データ有効／無効、シノニム,無効名,和名変更等を記述
    記述内容は"IVD"以外は任意です。
    それ以外は好きなように記述して下さい。
    例：
    "SYN" シノニムになった。
    "MIS" 誤同定。
    "CHG" 属の変更等。
    "IVD"以外であれば、分布データとして取り込まれます。
    ただし、空欄でなかった場合、次の種コードを省略することはできません。

  • 種コード、......最新知見に基づく種コード
    省略しても自動生成しますが、変更フラグが記述されている場合は、自動生成されません。人手により修正する必要があります。

  • 地域コード、
    分布地域を指定するには、ここに地域コードもしくは、地域名を記述します。
    この欄と緯度・経度／標準地域メッシュの欄は互いに排他指定です。何れかに記入し、それ以外は空欄にします。
    地域コードとは、地域テーブルに記載されたコードのことです。
    （標準地域メッシュコードはここに書かないで下さい）
    地域名を書く場合、重複名称が存在する場合があるので注意して下さい。
    例：
    福島......福島県の略の場合と山口県久賀町の島の場合があります
    佐渡島....新潟県のサドガシマ以外に宮城県牡鹿町にも佐渡島があります。
    大島、小島、広島、母島、横島、沖ノ島、黒島、高島、松島、焼島、長島、前島、中ノ島、弁天島、野島、etc.
    コードと名称を連結して書くことができます。コードだけでは分かり難いというのであれば、重複している部分については、この方法で記述して下さい。
    例：
    1500957佐渡島

  • 文献コード、
    別途作成する文献テーブルを基に、コードを転記します。
    ただし、文献名でも構いません。 私蔵データの場合も適当な名前もしくはコードを割り当てて下さい。

  • データ信頼度
    データの信頼度の違いをA,B,C,Zの４つにランク分けして表現できます。
    例えば、
    A学術的に信頼度が高い
    B幼体、幼生での同定、その他誤同定の恐れあり
    C後年に新種記載による細分化が生じた
    Z絶滅
    後述する種別分布テーブル生成ツールで処理する際、同じ地域の複数の情報で、信頼度が衝突することがあります。 このような場合の情報の優先度は以下のようになっています。
    Z > A > B > C
    Z つまり絶滅情報がもっとも優先度の高い情報として採用されます。


  • 緯度・経度
    分布地域や標準地域メッシュではなく、分布点の座標で指定する場合には、この欄に緯度と経度を記述します。
    例：
    N89E179CautionForDgree
    N89.59'E179.59'
    N89.59'59"E179.59'59"
    N89.59'59"9E179.59'59"9CautionForDgree
    N89.9999722E179.9999722
    89.9999722179.9999722
    S89.9999722W179.9999722
    -89.9999722-179.9999722
    注：このソフトでは、度は 右肩○ではなく、小数点で表現しています。
    度分秒で表現するのが、困難な場合、前述の例のように実数値でも表現できます。 北緯、東経は正数、南緯、西経は負数です。 指数表現は使わないで下さい。 E を東経と解釈してしまいます。

  • 標準地域メッシュ
    日本政府の定めた８種類の標準地域メッシュコードが指定できます。
    標準地域メッシュについての定義は、総理府統計局のWebサイトなどで確認して下さい。
    １次メッシュxxxx
    ２次メッシュxxxx-xx
    ３次メッシュ ( 基準地域メッシュ )xxxx-xxxx
    ５倍メッシュ ( 基準地域メッシュの５倍 )xxxx-xxx
    ２倍メッシュ ( 基準地域メッシュの２倍 )xxxx-xxxx-5
    ２分の１メッシュ ( 基準地域メッシュの1/2 )xxxx-xxxx-x
    ４分の１メッシュ ( 基準地域メッシュの1/4 )xxxx-xxxx-x-x
    ８分の１メッシュ ( 基準地域メッシュの1/8 )xxxx-xxxx-x-x-x
    なお、ハイフンは付けても付けなくてもいずれでも構いません。
    例：
    5339-3600-1-1-1
    53393600111
    takeinツールにて自動生成される種別分布テーブルでは、メッシュコード先頭に"JP"が勝手に付加されます。 しかし、入力テーブル作成時は"JP"を付けないで下さい。 "JP"を付けると正しく処理できません。 種別分布テーブルでは、記述欄の区別が無いため、 ユーザーが独自に定義できる地域コードも標準地域メッシュコードも同じ欄に記録され、 区別が付かないことがあります。 "JP"は、日本の標準地域メッシュコードであることを内部的に区別するための独自ルールです。


    入力例：
    ギンナガゴミグモは、かつて１種類だと思われていましたが、１９９２年に類似の別種が記載され、古い文献の情報がいずれの種を指しているのか曖昧になってしまいました。曖昧な情報を全てランクＢの扱いにしてみます。
    ...
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"群馬県","群馬県クモ目録",B
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"埼玉県","埼玉県クモ目録",B
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"千葉県","千葉県クモ目録",A
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"東京都","東京のくも",A
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"神津島","東京のくも",A
    ギンナガゴミグモ,,20000641,"神奈川県","神奈川県産クモ類目録",B
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"伊豆諸島蜘蛛類調査報告",A,"N34.13'05""","E139.08'59"""
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"伊豆諸島蜘蛛類調査報告",A,N34.2180555,E139.1497222
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"１次メッシュ分布図",A,,,5130
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"２次メッシュ分布図",A,,,5131-77
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"３次メッシュ分布図",A,,,5132-7799
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"５倍メッシュ分布図",A,,,5133-771
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"２倍メッシュ分布図",A,,,5030-7799-5
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"２分の１メッシュ分布図",A,,,5031-7799-1
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"４分の１メッシュ分布図",A,,,5032-7799-1-1
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"８分の１メッシュ分布図",A,,,5033-7799-1-1-1
    ギンナガゴミグモ,,20000641,,"８分の１メッシュ分布図",A,,,5034-7799111
    ...

    表示例：
    分布図でのランク表示例 分布図でのランク色


    • 種別分布テーブルの生成(takeinツール)

    種別分布テーブルは、Takeinというツールを使って、入力テーブルから自動生成できます。
    入力テーブルで種コードに記入していない場合、種コードを付加する必要があります。まず最初にAddSpCodというツールで入力テーブルを処理して下さい。
    既に、種コードも記入済みなら、次のTakeinでの処理に進んで下さい。

    AddSpCod

    AddSpCodは、ウィンドウ形式のアプリケーションソフトではなく、コマンドプロンプト（ＤＯＳ窓）から起動します。
    AddSpCodは、spmap.exeと同じフォルダーに納められていますので、 コンソール(ＤＯＳ窓)を開き、AddSpCodが置かれたフォルダ（ディレクトリ）に移動して下さい。
    そして、 
    AddSpCod  .\SampleLoc\*.csv
    AddSpCodの図 などと入力します。
    入力テーブルが複数あっても、ワイルドカードで指定してまとめて処理できます。
    ここで .\SampleLocは入力テーブルを置いてあるフォルダの意味です。適当に読み替えて下さい。
    指定した入力テーブル全てに種コードが振られます。


    Takein

    入力テーブルに種コードも記入されているなら、ツールTakeinで種別分布テーブルの生成を行います。
    Takeinは、ウィンドウ形式のアプリケーションソフトではなく、コマンドプロンプト（ＤＯＳ窓）から起動します。
    spmap.exeと同じフォルダーに納められていますので、 コンソール(ＤＯＳ窓)を開き、Takeinの置かれたフォルダ（ディレクトリ）に移動して下さい。
    そして、 
    takein  -rebuild  .\SampleLoc\*.csv
    tekeinの図 などと入力します。 入力テーブルが複数あっても、ワイルドカードで指定してまとめて処理できます。
    ここで .\SampleLocは入力テーブルを置いてあるフォルダの意味です。適当に読み替えて下さい。
    カレントフォルダの下に所定の名前で種別分布テーブル(SampleSp_map.csv)と種別文献テーブル(SampleSp_lit.csv)が作成されます。
    作成された２つのファイルを正式な置き場所(.\dbaseの下)に移動して下さい。 -rebuild をつけないと既存のデータベースを参照した後、内容を追加します。最初から作り直す必要が無いときは-rebuildをはずして下さい。

    tekeinの図

    説明ファイルの生成(TxWriter)

    分布図をWEBスタイルで公開する場合、有用なファイルを生成するTxwriterというツールがあります。
    takeinツールで生成された種別文献ファイル(sp_lit.csv)には、分布図作成の根拠となった文献のリストが種毎に収められています。 TxWriterはこのファイルを基に、種ごとの著者名、文献名リストを作成します。
    ファイル形式は、ＨＴＭＬ、もしくはプレーンテキストです。

    このツールで、編集できるのは、分布図や文献ばかりではありません。
    インターネット図鑑のようなものも作れます。
    TxWriterが生成するHTMファイルには、どのような画像でも張り込んで表示できます。動画、音声（オーディオ）を張り込むこともできるので、生物の行動や鳴き声の紹介にも使えます。 説明文や、ＨＴＭＬの断片もテキストとして取り込むことができるので、かなり自由に編集できます。 詳しくは、TxWriter の使い方を参照して下さい。


    目次
    SPMAP使用法
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